本硝化菌含有底砂中重要的菌種，它常是維持水質清潔的元素。硝化菌作用的過程。

許多綠色與絲狀的藻類將會大量的減少，附著在玻璃上的藻類將會不再生長，因為加入的硝化菌正對抗著藻類們。

硝酸鹽與磷酸鹽逐漸減少，因為成為了硝化菌的食物，且珊瑚們也將之消化，最後各自被蛋白機與過濾系統清除掉。

珊瑚與魚隻們更有活力，硝化菌與其他補給使之更有防禦力，減少疾病(如弧菌感染)缸內或有許多清潔物與有機殘渣將會明顯減少，這些也都是硝化菌的食物。